Conforme relata o livro História do Clube Náutico Marcílio Dias — O Livro do Centenário, a iniciativa de mobilizar a sociedade itajaiense em torno de uma agremiação desportiva na cidade partiu dos jovens Allyrio Gandra, Gabriel João Collares e Victor Emmanuel Miranda, inspirados nas regatas de Florianópolis, sede do primeiro campeonato catarinense de remo, realizado no ano anterior. O nascimento do clube está assim registrado na ata de fundação:

A convite dos senhores Victor Emmanoel Miranda, Alírio Gandra e Gabriel Collares, iniciaram-se às 20 horas, do dia 17 do corrente mês, nos salões da Sociedade Guarany, gentilmente cedida pela sua digna Diretoria, com o fim de fundarem um clube náutico, nesta cidade, os seguintes cavalheiros: Ignacio Mascarenhas Passos, Oswaldo Reis, Walter Lange, Adolfo Germano de Andrade, Victor Emmanoel Miranda, Gabriel Collares, Allyrio Gandra, José Reis, Djalma Barbosa, Bruno Malburg Júnior, João Kersanach, Delfino de Souza Migueis, Celso Liberato, Augusto L. Voitg, Conrado Miranda, Guedes da Fonseca Júnior, Lamartine Liberato, Aderbal Alegria, Gentil Melim, Irineu Bornhausen, Ralf Thieme, Raul Seara, Onildo G. de Miranda, Manoel Vieira Garção, Ary Mascarenhas Passos, Carlos Seara Júnior, Raul Espíndola, João Gabriel Fagundes, Pedro Burghardt Júnior e Ismênio Palumbo.

Nome e cores
Ignacio Mascarenhas Passos, presidente da assembleia de fundação, sugeriu o nome do jovem marinheiro negro Marcílio Dias, que sacrificou a vida em defesa da Pátria na Batalha Naval do Riachuelo (1865), considerado herói nacional e símbolo de bravura da Marinha do Brasil por seus atos de determinação e coragem. Sob uma ovação de palmas, todos os presentes concordaram em render tributo ao Imperial Marinheiro.

Por sugestão de Walter Lange, as cores foram adotadas em homenagem aos dois grandes clubes de remo de Santa Catarina na época: o C. N. Francisco Martinelli (vermelho) e o C. N. Riachuelo (azul), ambos fundados em 1915, em Florianópolis.

Estatuto e primeira diretoria
Aprovado em 3 de abril de 1919, o primeiro estatuto registra que o clube surgiu com a finalidade de “proporcionar aos seus associados exercícios físicos, tais como: remo, natação, ginástica e outras diversões compatíveis com a educação moral e intelectual da mocidade”. A primeira diretoria, eleita e empossada em 13 de abril de 1919, ficou assim constituída:

• Presidente
  Ignacio Mascarenhas Passos
• Vice-presidente
  Adolfo Germano de Andrade
• Primeiro secretário
  Bruno Malburg Júnior
• Segundo secretário
  Elisário Pereira
• Primeiro tesoureiro
  Walter Lange
• Segundo tesoureiro
  Victor Emmanuel Miranda
• Diretor de Regatas
  Oswaldo Reis
• Diretor de Galpão
  Gabriel João Collares
• Orador
  Celso Liberato
• Comissão Fiscal
  Félix Asseburg, Bonifácio Schmidt, Marcos Konder, Manoel Vieira Garção e Jayme Bento da Silva.